创新工程学院在位于横琴的珠海澳科大科技研究院内设有人工智能和智慧城市实验室，已开展一系列前沿科技攻关，涉及人工智能、云计算和智能制造等领域，承担的研究项目包括视频时空信息建模的人脸结构化分析，持续学习驱动的群智能理论及方法，大规模城市空间中人群行为异常分析应用研究，虚拟现实核心引擎关键技术平台研发及产业化等。
同时，学院正在筹建三个先进研究中心，包括开放平台电动车研究中心，智能机器人技术创新中心和云系统及数据安全实验中心，这些中心与国内外先进企业长期进行合作研发。为了配合澳门特区政府和横琴深度融合政策，这些中心将澳科大的科研创新成果转化为技术应用及产品研发，借助大湾区人才优势，培养高端科研队伍，助力大湾区的未来发展。
