創新工程學院在位於橫琴的珠海澳科大科技研究院內設有人工智能和智慧城市實驗室，已開展一系列前沿科技攻關，涉及人工智能、雲計算和智能制造等領域，承擔的研究項目包括視頻時空信息建模的人臉結構化分析，持續學習驅動的群智能理論及方法，大規模城市空間中人群行為異常分析應用研究，虛擬現實核心引擎關鍵技術平台研發及產業化等。
同時，學院正在籌建三個先進研究中心，包括開放平台電動車研究中心，智能機器人技術創新中心和雲系統及數據安全實驗中心，這些中心與國內外先進企業長期進行合作研發。為了配合澳門特區政府和橫琴深度融合政策，這些中心將澳科大的科研創新成果轉化為技術應用及產品研發，借助大灣區人才優勢，培養高端科研隊伍，助力大灣區的未來發展。
